Pionnier en matière de numérisation en lasérogrammétrie, le Port-musée a initié dès 2005 ses premiers relevés par scanner laser 3D. Le programme a été relancé en 2009 avec une solution logicielle nouvelle et une chaîne opératoire interne combinant techniciens, spécialiste du relevé et architecte naval. Cette compétence lui a permis une reconnaissance à l’international avec un projet mené dans le cadre de l’union Européenne avec le National maritime Museum de Falmouth et une mission d’expertise menée au nom du Musée National d’Oman. En France, le Port-musée a été prestataire des musées de Granville ou de l’armement des Phares et Balises. Près d’une centaine des bateaux de la collections ont été numérisés. La plupart sont de petites embarcations de travail mais des travaux plus complexes ont été menés sur l’Anna Rosa ou le Notre-Dame-de-Rocamadour, en combinaison avec des méthodes d’investigation non destructives. L’objectif est à la fois un archivage numérique des formes et de l’architecture de ces « chefs d’œuvres de l’esprit humain » (Amiral Paris), une surveillance constante de leur évolution face au temps, mais aussi la possibilité de les étudier sous tous les angles et d’en restituer l’histoire.