À proximité du musée à quai, le musée à flot permet au visiteur de découvrir une partie des collections du Port-musée. Plusieurs bateaux sont ainsi visitables de la cale au pont. Ces navires sont les témoins authentiques et rares d’un passé. Pour être conservés, ils sont restaurés régulièrement par les charpentiers du Port-musée qui œuvrent sous les yeux des visiteurs.
Ces navires sont également les témoins d’un contexte socio-économique particulier et permettent ainsi d’aborder différentes thématiques telles que : la vie du port, les ressources maritimes en matières premières, la pêche en mer, les voies maritimes ou encore le grand cabotage européen. Par exemple, le Port-Rhu accueillait au XIXe siècle les voiliers de Norvège semblables à Anna Rosa qui apportaient à Douarnenez la rogue servant aux pêches sardinières qui alimentaient les très nombreuses conserveries.
