Le Port-musée dispose de 4 500 m2 de réserves extérieures. Y sont conservé plus de 10 000 objets (outils de charpentier, boîtes de conserve, marque de filet, ...), plus d'une centaine de maquettes de bateaux ainsi qu'environ 250 bateaux grandeur nature.

Ses réserves constituent la partie immergée de "l'iceberg" très souvent inconnues du public. Une activité constante s'y déroule avec l'enrichissement des collections, l'inventaire, la mise en oeuvre de la conservation préventive, la restauration des collections, la préparation des prêts d'objets à d'autres institutions, la gestion des espaces de stockage, l'accueil de chercheurs et le travail des bénévoles.

Aucun objet n'échappe à l'inventaire qui décline l'identité de chacun d'entre eux dans une rigoureuse fiche d'identification : numéro, désignation, auteurs, matières, poids, taille, date d'arrivée, état sont systématiquement repris, vérifiés et enregistrés. L'inventaire est un véritable outil de connaissance et de mémoire.